Malta hat laut EU-Umweltbeobachtern weiterhin erhebliche Probleme mit seinen Grundwasserständen. Der Bericht der Europäischen Umweltagentur über den Europäischen Wasserhaushalt für 2018 zählt Malta zu den drei südlichen Mitgliedstaaten mit diesem Problem. Auch in Zypern und Spanien trocknet der Grundwasserspiegel aus.
Der Hauptdruck auf die unterirdischen Stauseen sei die Wassergewinnung. Dazu zählt das Abpumpen von Wasser für die öffentliche Versorgung, die Landwirtschaft und die Industrie. Grundwasser wird unterhalb der Erdoberfläche in den Brüchen von Felsformationen und in Zwischenräumen im Boden gefunden. Grundwasserleitungen enthalten nur etwa ein Zehntel des Gesamtniederschlags, stellen aber rund 42 Prozent der gesamten Wasserentnahme in Europa dar. Etwa die Hälfte des Trinkwassers in Europa stammt aus dem Grundwasser, viele Großstädte sind davon abhängig. Die Insel Malta hat mit 80 % die höchste Anzahl an zu kleinen Grundwasserreserven. Das macht Malta stark von den Grundwasserressourcen für den Eigenbedarf abhängig. Malta entnahm rund 60 Prozent aus unterirdischen Reserven. Einige Verbraucher beklagten sich auch über illegale Entnahme von Grundwasser.
In seinem 2016 veröffentlichten Bericht bemerkt das World Resource Institute, dass die Grundwasserreserven zudem stark von Nitratverschmutzung und zunehmendem Salzgehalt betroffen seien. Statt vermehrt auf Entsalzung zu setzen, würde auf Malta immer noch Grundwasser verschwendet.
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